鸣人和佩恩对打，佩恩被击倒，但是本体不在这里，鸣人去寻找长门，长门最终改过自新，利用轮回天生之术复活了木叶的人们。

在389话中，最后一个佩因也被鸣人打倒了。鸣人利用佩因身上的查克拉接收器找到了长门，自来也的两个弟子终于见面了。在见到长门的那一刻，鸣人始终无法原谅长门对自己村子犯下的罪过，另外，他想知道同为自来也的徒弟，长门为何会残忍的杀害木叶的人们，究竟是怎样的过去使长门扭曲了自来也的信仰。

原来，在长门还是个孩子的时候，雨隐村被卷入大国之间的战争中，长门的父母被木叶的忍者误杀了，从此后，长门走上了漂泊的道路。不久，他遇见了小南和弥彦，三人加一只狗开始靠偷东西维持生活。在生活如此窘迫的时候，弥彦依旧对未来充满希望，他希望有一天能征服世界。终于有一天，和他们相依为命的小狗死了，而后他们开始追寻木叶三忍。

但是，弥彦死后，长门代替弥彦成为了组织的首领，为了他们的目标，组织的成员接二连三的死去了，长门认为只要人存在，憎恨是不会消除的，自来也的想法根本就不切实际。在听完长门的故事，鸣人表示虽然理解长门的行为可还是无法原谅他的罪过。不过，自己是自来也的徒弟，自来也将希望寄托于他的身上，他就要相信自来也所相信的东西。得知站在他面前的人名叫鸣人，看到鸣人的决心，长门做了一个令人震惊的决定。

长门用尽自己的查克拉，将整个木叶阵亡于此次战争中的人们复活了，可长门却因此死去了，小南将长门和弥彦的遗体带走，并决定脱离晓组织，临走前，小南表示自己会相信鸣人，和鸣人一起追逐长门同弥彦的梦想，希望鸣人能开出永不凋谢的花。鸣人拜别了师父，终于回到了村子，现在的鸣人终于得到了全村人们的认同。

佩恩是动漫三百九十五集死的。佩恩是被鸣人杀死的,佩恩的人间道、畜生道、修罗道、地狱道、饿鬼道都被鸣人消灭了,而天道最后在鸣人用了“仙法·螺旋手里剑”时用“神罗天征”互相抵消,在5秒之内,周围的岩石变回鸣人的分身(鸣人事先藏好的),捉住天道,鸣人最后一个螺旋丸杀死了天道。