中药秘方申请专利的方式：

1、当事人提出专利申请;

2、国务院专利行政部门收到发明专利申请后十八个月内，进行初步审核，符合要求的，即行公布;

3、发明专利申请自申请日起三年内，对于通过实质审核的，发给发明专利证书。

法律依据：

2021年6月1日生效的《专利法》第二十六条

申请发明或者实用新型专利的，应当提交请求书、说明书及其摘要和权利要求书等文件。

第三十四条

国务院专利行政部门收到发明专利申请后，经初步审查认为符合本法要求的，自申请日起满十八个月，即行公布。国务院专利行政部门可以根据申请人的请求早日公布其申请。

第三十五条

发明专利申请自申请日起三年内，国务院专利行政部门可以根据申请人随时提出的请求，对其申请进行实质审查;申请人无正当理由逾期不请求实质审查的，该申请即被视为撤回。

第三十九条

发明专利申请经实质审查没有发现驳回理由的，由国务院专利行政部门作出授予发明专利权的决定，发给发明专利证书，同时予以登记和公告。发明专利权自公告之日起生效。